【崗位1】

招聘人數：1人

工作類型：全職博士後

工作地點：北京大學

研究内容：

開發基于Nanopore第三代測序平台的基因組變異檢測算法及軟件

研究背景:

随着測序技術的不斷發展，二代測序技術固有的局限性逐漸展露，特别是讀長短的限制嚴重影響基因組結構變異SV(>50bp)的檢測和發現。而結構變異SV在基因組功能上具有重大意義，包括很多罕見病，遺傳病，腫瘤和癌症都和結構變異密切相關。第三代測序平台Nanopore擁有長讀長和超高通量等優勢，能夠克服二代測序讀長短的缺陷，是結構變異檢測和發現的首選技術平台。但是，三代測序也存在單堿基準确率不高，以及會引入小的插删(Indel)等問題。這些問題會影響結構變異檢測和發現算法和軟件的準确性和效率。目前，已經公開發表的可用于第三代測序平台Nanopore的結構變異檢測和發現算法和軟件有各自的缺陷和問題。本研究緻力于研究第三代測序平台Nanopore的電信号處理，序列比對算法，及結構變異檢測和發現算法，解決已有算法和軟件的缺陷，包括提高準确性，降低假陽性等。

北京大學生物信息中心是我國第一家生物信息中心，專注于生物信息學及計算生物學前沿領域研究，承擔了多項國家科研項目，自主研發數十種生物信息學新算法、軟件和數據庫，并在北京大學生物信息中心的網上免費對外公開，為大量國内外生物學家提供服務。該研究将與北京希望組科技有限公司深度合作，該公司目前是Oxford Nanopore戰略合作夥伴，并擁有全球最大的Nanopore測序平台。

應聘要求：

1.    211大學及以上計算機，統計學，數學，自動化或相關專業博士（或即将取得博士學位）

2.    精通統計學和機器學習算法以及生物信息學常用算法包括Smith-Waterman算法，動态規劃算法等

3.    具有較強的英文寫作與交流的能力

4.    具備強大的編程能力，能夠熟練運用C, C++, Python實現算法

5.    具備良好的軟件工程能力和編碼規範，熟悉源代碼管理系統Git,熟悉軟件測試和調優

6.    熟悉Linux系統

7.    熟悉基因測序和了解基因組數據的優先

8.    在Github等源代碼管理平台上有算法項目的優先

聯系方式：

請将申請信及個人簡曆發至申請材料請發至：kongl@mail.cbi.pku.edu.cn

【崗位2】

招聘人數：1人

工作類型：全職博士後

工作地點：北京大學

研究内容：

開發基因組變異，包括單堿基變異SNV和結構變異SV的分布式大數據存儲及分析平台。

研究背景:

随着測序技術的不斷發展，二代測序技術固有的局限性逐漸展露，特别是讀長短的限制嚴重影響基因組結構變異SV(>50bp)的檢測和發現。而結構變異SV在基因組功能上具有重大意義，包括很多罕見病，遺傳病，腫瘤和癌症都和結構變異密切相關。第三代測序平台Nanopore擁有長讀長和超高通量等優勢，能夠克服二代測序讀長短的缺陷，是結構變異檢測和發現的首選技術平台。目前已有的基因組變異的存儲及分析平台通常隻包含單堿基變異SNV或小的插删InDel，例如dbSNP, ClinVar, gnomAD等。

本研究緻力于開發統一的基因組變異存儲和分析平台，包括上述簡單的變異和結構變異SV。同時該平台将采用分布式存儲和計算等大數據領域前沿技術，可支持千萬級别以上的群體基因組變異數據的存儲，處理，可用來為大規模群體基因組的機器學習和人工智能計算和分析奠定基礎。

北京大學生物信息中心是我國第一家生物信息中心，專注于生物信息學及計算生物學前沿領域研究，承擔了多項國家科研項目，自主研發數十種生物信息學新算法、軟件和數據庫，并在北京大學生物信息中心的網上免費對外公開，為大量國内外生物學家提供服務。該研究将與北京希望組科技有限公司深度合作，該公司目前是Oxford Nanopore戰略合作夥伴，并擁有全球最大的Nanopore測序平台。

任職要求：

1.    211大學及以上計算機或生物信息或相關專業博士（或即将取得博士學位）

2.    熟悉基因測序和基因組數據

3.    具備較高的編程和軟件工程能力

4.    具有較強的英文寫作與交流的能力

5.    精通Java, Scala, Python語言

6.    熟悉分布式計算平台

7.    熟悉Hadoop, Spark并具有實際工程經驗

8.    具備良好的軟件工程能力和編碼規範，熟悉源代碼管理系統Git,熟悉軟件測試和調優

9.    熟悉Linux系統

10. 熟悉容器技術Docker, Kubernetes的優先

11. 熟悉基因組變異數據格式VCF及變異數據庫dbSNP, ClinVar, gnomAD等優先

聯系方式：

請将申請信及個人簡曆發至申請材料請發至：kongl@mail.cbi.pku.edu.cn