北京大學定量生物學中心

學術報告 

題    目: 蛋白質/核酸複合物結構預測：從分子對接到整合冷凍電鏡建模

報告人: 黃勝友 教授

華中科技大學物理學院

時  間: 4月11日（周四）11:00-12:00

地    點: 呂志和樓B101

主持人: 宋晨 研究員

摘要:

蛋白質和核酸(DNA/RNA)在許多生命過程中發揮重要作用。“結構決定功能”，因此，确定蛋白質/核酸相互作用及其結構對于理解生命活動的分子機制及開發藥物至關重要。由于其清晰的物理原理和極低的計算成本，分子對接已成為蛋白質/核酸複合物結構預測中最重要的一種快速計算方法，然而，由于分子柔性和能量打分函數等方面的限制，其精度已達到瓶頸。盡管近年來人工智能模型如AlphaFold2在蛋白質單體結構預測中取得了巨大成功，但由于樣本不足，其對複合物和RNA結構預測仍沒有好的解決方案。因此，迫切需要整合實驗信息來突破現有複合物和RNA結構預測的瓶頸。近年來，冷凍電鏡已發展成為實驗測定生物大分子結構最重要的方法，其實驗數據中蘊含的信息正好契合了蛋白質/核酸複合物結構預測的需求。在本報告中，我将首先介紹我們發展的基于分子對接的蛋白質/核酸複合物結構預測方法HDOCK，然後将重點彙報我們最近關于利用人工智能從冷凍電鏡實驗密度圖中挖掘結構信息的工作，以及整合挖掘的結構信息進行蛋白質複合物和RNA三維結構建模的研究。

報告人簡介：

黃勝友，華中科技大學物理學院教授、博導，1998年獲武漢大學物理學學士學位，2003年獲武漢大學理學博士學位。長期從事蛋白質/核酸相互作用計算及其複合物結構預測研究，共發表論文120餘篇，近5年以通訊作者在Nature Biotechnology、Nature Machine Intelligence、Nature Protocols、Nature Communications、JACS等雜志發表論文40餘篇。發展的HDOCK等蛋白質/核酸分子對接算法在國際蛋白質相互作用預測CAPRI競賽中多次排名第一，已為全球 120 餘個國家用戶完成超過100萬個結構預測任務。曾入選國家高層次青年人才計劃，獲全國百篇優秀博士學位論文。現任中國生物學信息學學會(籌)“生物分子結構預測與模拟專業委員會”秘書長。

實驗室網頁：http://huanglab.phys.hust.edu.cn/