北京大學定量生物學中心

學術報告 

題    目: ProDESIGN-LE與PALMS-DAs：AI輔助的蛋白質設計及蛋白質-小分子結合位點鑒定

報告人: 蔔東波 研究員

中科院計算所

時    間: 5月22日（周一）13:00-14:00

地    點: 呂志和樓B101

主持人: 宋晨 研究員

摘 要:

蛋白質結構預測與蛋白質設計是一枚硬币的兩面。針對蛋白質結構預測，我們設計了直接學習殘基間距離的神經網絡CopulaNet，開發了預測算法ProFOLD；針對蛋白質設計，我們設計了算法ProDESIGN系列，并重新設計了蛋白質CAT III和綠色熒光蛋白GFP，其晶體結構與目标結構接近（RMSD=1.4 埃），已成功發光。

本次講座還将介紹鑒定蛋白質-小分子結合位點的新方法PALMS-DAs，該方法聯合應用光交聯、色譜、質譜、分子動力學等技術，在熱休克蛋白與抑制劑的初步實驗表明，該方法可鑒定出結合位點。 

報告人簡介：

蔔東波，中科院計算所研究員，研究興趣包括生物信息學（蛋白質結構預測、糖結構鑒定）、計算機算法。在Nature子刊等發表論文100餘篇，著有《算法講義》；帶領六名“計算所二代”小學生組成小SIGMA數學特别興趣組，講授數學思維和計算思維，并與之合著《少兒計算思維養成記---六個小孩的編程學習筆記》。

研制了“用人工智能技術輔助算法設計”的AIA系統，在經典排課等多個問題上實現了變“憑靈感設計算法”為“從數據學習出算法”；設計了蛋白質結構預測算法ProFOLD，性能超過AlphaFold，正努力趕超AlphaFold2；設計了蛋白質序列設計算法ProDESIGN，重設計綠色熒光蛋白，并成功發光。